Лазовский заповедник расположен на территории одноименного района в юго-восточной части Приморского края, на склонах хребта Сихотэ-Алинь, обращенных к Японскому морю.

Территория заповедника относится к Южно-Приморской горно-долинной провинции Сихотэ-Алинской физико-географической области, по схеме ландшафтного районирования Л.С. Берга — к ландшафтной зоне широколиственных и смешанных лесов Дальнего Востока, по ботанико-географическому районированию Б.П. Колесникова — к южной подзоне зоны смешанных хвойно-широколиственных лесов.

Наиболее важными специфическими чертами, определяющими экологическое своеобразие Приморья в целом, являются: положение на границе Евразии и Тихого океана; горный характер рельефа большей части территории; выраженный муссонный характер климата, определяющий изменчивость погодных условий и возможность различных катастрофических природных явлений (ливни, наводнения, тайфуны, эрозия почв, оползни); неравномерность хозяйственного освоения и антропогенного пресса на природные комплексы. Сихотэ-Алинь как вулканическая горная страна существует около 100 миллионов лет.

Последующие геологические события (излияния базальтовой лавы в плиоцене, вздымание Сихотэ-Алиня, образование небольших ледников в плейстоцене) не имели катастрофических последствий для древнейших форм живых организмов и лишь способствовали ускорению процесса видообразования. В Приморье сохранились многие представители животного и растительного мира давно минувших эпох: орех маньчжурский, тис остроконечный, аралия, женьшень, бархат амурский, уссурийский тигр, леопард, гималайский медведь, пятнистый олень, горал, фазан, голубая сорока. Вместе с этим фауну и флору Приморья обогатили холодолюбивые сибирские и охотские виды: береза, ель, лиственница, осина, бурый медведь, росомаха, соболь, рябчик. Исключительное богатство фауны и флоры, динамичная поликлиматическая структура, сочетание интенсивных процессов видообразования с сохранением древнейших видов живых организмов обусловили очень высокую степень видового и ценотического разнообразия природных комплексов, уникальную биологическую продуктивность разнообразных и сложных по своей структуре лесных экосистем.

К ним, в частности, относятся леса Сихотэ-Алиня, природные комплексы прибрежной части акватории Японского моря, лососевые реки. Уссурийские леса представляют собой комплекс горнолесных мезотермных и микромезотермных экосистем материковой прибрежной части Восточно-Азиатской биогеографической области. Для флоры и фауны, животного и растительного мира этих лесов характерно сложное сочетание реликтовых субтропических и эндемичных маньчжурских, неморальных и бореальных, охотских и евросибирских видов, форм, и разнообразных сообществ. Биогеографическая и экологическая уникальность комплекса определяется непрерывной эволюцией биоты Восточной Азии на протяжении неогена и неоднократными вторжениями в средние широты Дальнего Востока бореальной флоры и фауны. Ныне основу природного комплекса Сихотэ-Алиня составляют кедрово-широколиственные леса в сочетании с пойменными смешанными, горными темно- и светлохвойными лесами, лиственничными марями, высокогорными каменноберезовыми лесами, зарослями кедрового стланика и единственного в мировой флоре представителя эндемичного рода — микробиоты перекрестнопарной, стелющегося кустарника из семейства кипарисовых. Елово-пихтовые леса, кедровый стланик и заросли микробиоты типичны для водораздельной части хребтов и базальтовых плато Сихотэ-Алиня.

Рельеф

Лазовский заповедник расположен на южных отрогах Сихотэ-Алиня, в междуречье рек Киевка и Черная. Хребет Заповедный разделяет территорию заповедника на две части — северную континентальную и южную приморскую. Средняя высота гор составляет 500-700 м, отдельные вершины достигают 1200-1400 м над ур.м. Склоны гор имеют различную крутизну, в среднем 20-25°, их гребни узкие, но плоские. Значительные площади занимают каменистые россыпи. Высота отрогов снижается на востоке по направлению к морю, водораздельные хребты переходят в мелкосопочные гряды высотой до 100 м. Сильнопересеченный рельеф и большая крутизна склонов характерна для большей части территории Лазовского района вообще, что делает большую часть территории заповедника труднодоступной.

Климат

Климатические условия юга Дальнего Востока России обусловлены его положением на окраине Азиатского материка, на пути активного перемещения воздушных масс с океана на материк (летом) и наоборот (зимой). Влажностно-температурный режим региона связан с положением и уровнем циклонической деятельности на полярном фронте, а зимой и на арктическом фронте. В обширной области господства летнего муссона юг Дальнего Востока занимает крайнее северное положение. Территория Приморья — арена борьбы морского муссонного климата с умеренным континентальным.

Погодные условия определяются преобладанием тех или иных циклонических процессов, а в конкретном месте — положением его относительно оси горной системы Сихотэ-Алинь, ориентированной преимущественно с северо-востока на юго-запад, параллельно линии побережья Японского моря, близостью к этому побережью, и положением в системе разноориентированных горных хребтов и их склонов разной крутизны и экспозиции. В течение года пасмурное и очень влажное лето с преобладающими ветрами восточных и юго-восточных направлений сменяется холодной, сухой и ясной зимой, летние паводки и разногодичные серии наводнений — зимними периодами и годами маловодья.
Мягкий морской климат с прохладным и влажным летом и относительно теплой зимой, преобладающий на побережье, в межгорных долинах и на склонах, обращенных к морю, сменяется на вершинах хребтов, северных и западных склонах, в изолированных от морских воздушных потоков долинах и котловинах более континентальным. На эту общую картину накладываются явления температурной инверсии, когда выше расположенные в рельефе участки местности оказываются теплее и обеспеченнее влагой, чем расположенные в нижней части тех же склонов. Еще больше осложняют картину местные ветры: фены и бризы в узкой прибрежной и суховеи в континентальной части территории. Природные комплексы и системы, в том числе гидрографические, формирующиеся в таких чрезвычайно разнообразных климатических условиях, характеризуются повышенной сложностью, динамичностью и реактивностью на критические внешние воздействия. Лазовский заповедник расположен в прибрежном климатическом районе умеренной зоны Дальнего Востока (Витвицкий, 1961). Климат заповедника носит типично муссонный характер, проявляющийся в смене направлений воздушных потоков летом и зимой. Сильнопересеченный рельеф, влияние моря определяют своеобразную смену климатических условий как в горизонтальном, так и в вертикальном направлении. На территории заповедника явно выделяются две климатические микрозоны: прибрежная и континентальная. Зима длится около трех с половиной месяцев, с преобладанием ветров западного и северо-западного направлений. Наиболее холодный месяц — январь, средняя температура которого на побережье -5,1-12,5°, в континентальной части -10,4 -17,5°. В отдельные дни температура воздуха в северной части заповедника опускается до -30°. Осадков выпадает мало, в виде небольших снегопадов. Снежный покров сохраняется от 1,5 до 5,5 месяцев. На побережье часто отмечаются оттепели. Снежный покров на южных склонах непостоянен. Многоснежные зимы бывают с периодичностью раз в 9-11 лет. Весна наступает с середины марта и характеризуется неустойчивой погодой с похолоданиями и обильными снегопадами в начале сезона. Лето короткое, влажное, часты туманы. Ветры дуют в основном с востока, принося моросящие осадки. Особенно сильные дожди проходят в августе-сентябре, вызывая нередко наводнения на реках, которые в отдельные годы принимают катастрофический характер. Самым теплым месяцем является август, средняя температура которого в разные годы колеблется от 17,4 до 23,5°. Осенью устанавливается теплая и ясная погода, но уже в октябре бывают первые заморозки. Осадков выпадает мало. Близость моря определяет на побережье более мягкий климат. Летом здесь несколько прохладнее, чем в континентальной части, зимой значительно теплее. Средняя годовая температура составляет на берегу моря 4,9°, в континентальной части 4,1°. Осадков выпадает в год соответственно 731 и 667 мм

Гидрография

По величине и режиму увлажнения материковая часть территории Лазовского заповедника, расположенная северо-западнее хребта Заповедный, относится к гидроклиматическому району избыточного увлажнения, а приморская — к району оптимального увлажнения в «средний» и «сухой» годы. Практически вся территория заповедника поделена между двумя самостоятельными водосборными бассейнами рек Киевка и Черная, впадающими в Японское море. Остальные многочисленные реки и ручьи разной величины, направления и характера либо являются притоками указанных рек, либо самостоятельно собирают воды с узкой приморской полосы, средняя ширина которой около 10 км, и впадают непосредственно в Японское море.
Общая протяженность рек и ручьев, протекающих по территории Лазовского района, составляет 1330 км, густота речной сети — 1,1 км речного стока на км², что значительно превышает и среднюю для Приморья (0,73 км/км²), и среднюю по России (0,22 км/км²). Все реки и ручьи заповедника имеют характерное для условий муссонного климата преимущественно дождевое питание и типично горный характер: узкие долины, каменистые русла, крутые уклоны (до 5 и более на 1 км), бурное течение. Лишь Киевка и, в меньшей степени, Черная в своем нижнем течении приобретают более спокойный характер, расширяют свои долины, образуют рукава и старицы. Здесь же располагаются и небольшие озера Селюшино, Заря, Латвия, Топкое, Чухуненко, протяженность береговой полосы которых редко превышает 3 км.

Часть озер имеют уникальную растительность, другие природные особенности и утверждены памятниками природы. Территория заповедника расположена между реками Киевка и Черная и охватывает лишь часть их бассейнов, преимущественно верхнюю. Характер речек и ключей типично горный на всем протяжении. Как все реки с преимущественно дождевым питанием, водотоки заповедника сильно мелеют или вообще пересыхают зимой и в другие сухие периоды года, а после ливневых дождей превращаются в бурные потоки. Минимальные уровни воды в наблюдаются в феврале — начале марта. Весеннее половодье не выражено. На территории заповедника имеется несколько теплых минеральных источников.